Неукрепленное поселение с разбросанными в беспорядке убогими хижинами умещалось между Касреш-Шам (так окрестили арабы цитадель Вавилона) и холмом Яшкур. Построенная в 641-642 годах мечеть, названная именем Амра, мало отличалась от жилищ: это была небольшая и низкая сырцовая постройка с посыпанным галькой полом и плоской глиняной крышей на пальмовых столбах; она служила местом суда, совещаний и приютом. Правый берег Нила в VII веке проходил на несколько сот метров восточнее, чем в настоящее время, так что укрепления Вавилона и мечеть Амра стояли близ воды, а остров Рода омывали два рукава Нила равной ширины. Этот остров был тогда единственным и назывался просто Гезире, т. е. «остров». Наплавные мосты связывали его с берегами.

По мере того как приходила в упадок Александрия (столица Египта при греческих и византийских правителях), возрастала роль Фустата, который с 60-х годов VIII века стал политическим и экономическим центром Египта. Город рос, и мечеть Амра в 673 году пришлось расширить. Неудивительно, что в мечети Фустата появились по углам четыре невысокие квадратные башни, как в ограде сирийского святилища. С тех пор многие правители украшали и подновляли мечеть, но решающей была перестройка 827 года, когда мечеть, расширенная вдвое, достигла современных размеров. Стены мечети Амра, возведенные из кирпича, образуют неправильный четырехугольник. Передняя стена по общему правилу обращена к Мекке. В ней выделены три полукруглых михраба - молитвенные ниши. Зал мечети Амра делился аркадами, которые опирались на колонны, взятые из руин римских и византийских зданий.

Плоскокровельная мечеть Амра была построена по арабскому типу, с огибающими двор портиками, но ее особенность - значительная ширина галерей со всех сторон двора. В мечети Амра (IX в.) было 378 колонн, причем крайние колонны каждого ряда были связаны со стеной деревянными балками. Нефы освещались арочными окнами, а между окнами на фасаде размещались нишки с завершением в форме раковины. Арки окон с едва заметной стрельчатостью опирались на деревянные кружала; по углам оконных проемов стояли миниатюрные колонки, внутри мраморные, снаружи - из лекального кирпича. Деревянные конструкции - архитравы, тяжи, связывавшие пяты арок для погашения распора, и узкие бордюры на уровне пят оконных арок украшала резьба (мотивы аканта и виноградной лозы). Стены мечети покрывала мозаика. В прошлом столетии заброшенная мечеть почти разрушилась, но в начале XX века она была отстроена заново. Увеличенный в размерах двор ограничен с северо-запада однорядной аркадой. Немногое сохранилось от былого убранства.